Pesantren menurut sejarah berdirinya di Indonesia, ditemukan dua
versi pendapat. Pertama, pendapat yang menyebutkan bahwa pondok
pesantren berakar pada tradisi Islam sendiri. Kedua, pendapat yang
mengatakan bahwa pada mulanya pondok pesantren yang kita kenal
sekarang ini, merupakan pengambil alihan dari sistem pondokan
pesantren yang diadakan orang – orang Hindu di Nusantara (Depag, 2003
: 10).
Oleh karenanya pesantren atau pondok adalah lembaga yang bisa
dikatakan merupakan wujud proses wajar perkembangan sistem
pendidikan nasional.
Dari perspektif historis pesantren tidak hanya identik dengan
makna ke Islaman tetapi juga mengandung makna keaslian Indonesia
(indigenous)sebab ini sebenarnya sudah ada sejak pada masa kekuasaan
Hindu – Budha sehingga di sini Islam tinggal meneruskan dan
mengislamkan lembaga pendidikan yang sudah ada, tentunya hal tidak
berarti mengecilkan peranan Islam dalam melopori pendidikan di
Indonesia (Madjid, 1997 : 3).

Tradisi pesantren sudah ada sejak zaman Walisongo yaitu sekitar
abad 15 – 16 di Jawa, tetapi Walisongo sendiri sebenarnya mengikuti
jejak langkah Nabi Muhammad SAW, karena itu ada dua contoh yang
diambil sebagai dalam dunia pesantren, model pertama Nabi Muhammad
SAW, dan model kedua Walisongo. Yang telah berhasil
mengkombinasikan aspek – aspek sekuler dan spiritual dalam
memperkenalkan Islam pada masyarakat, sehingga pengaruh dunia
pesantren demikian kuat di lingkungan masyarakat indonesia (Mas`ud,
2002 : 3). Kedudukan dan fungsi pesantren saat itu belum sebesar dan
sekomplek sekarang, pada masa awal pesantren hanya berfungsi sebagai
alat Islamisasi dan sekaligus memadukan tiga unsur pendidikan yakni :
ibadah untuk menanamkan keimanan, tablig untuk menyebarkan ilmu
dan terakhir amal untuk mewujudkan kegiatan kemasyarakatan dalam
kehidupan sehari – hari.
Satu abad setelah masa Walisongo, yaitu pada abad ke – 17
pengaruh Walisongo diperkuat oleh Sultan Agung yang memerintah
kerajaan Mataram dari tahun 1613 – 1645, dan masa ini telah diadakan
pembagian tingkatan – tingkatan pesantren sebagai berikut; tingkat
pengajian Al Qur`an, tingkat pengajian kitab, tingkat pesantren besar,
pondok pesantren tingkat keahlian (takhassus)(Yunus, 1979 : 223 – 225)